A Vajda János Éjjelek című vers a teológiából nézve is érdekes elemeket tartalmaz. A vers első részében az éj végtelen és örök képe festődik meg, amely a személyes tapasztalaton túlmutatóan Isten istenségének és örök jelenlétének szimbóluma lehet. A méla csönd és az égi kéj tündérének csöngése tovább erősíti az éj isteni megjelenését. A versben megjelenő romlatlan éjszakai természet egyfajta isteni rend és harmónia jelképe lehet.
A bibliatudomány aspektusában a vers megnyugvást és csendet sugalló hangulata összekapcsolható az Ószövetségben található szövegekkel, amelyek a csendben való isteni jelenlétet hirdetik. A csend jelenti az alkalmat arra, hogy Isten hangját és jelenlétét hallják az emberek. A versben kifejezett imádságos mozzanat és a szív fölé tett kéz is erre utalhat, mint a hittel és bizalommal történő Istenhez szólás jele.
A patrisztika, vagyis az egyházi apaság szempontjából a versben megjelenő sötétség és éjszaka szimbolikus jelentéssel bírhat. A patrisztikus tanítás szerint az éjszaka az alvásra és pihenésre való időszak, amely Isten gondviselésének és védelmének a jelképe. Az éjjel a kísértések és kihívások időszakaként is értelmezhető, amikor az embernek meg kell küzdenie a bűnökkel és a sötétséggel. Ezért a versben megjelenő küzdelem az éjjelben és a vágyak elcsendesítése is patrisztikus gondolatokra utalhat.
A skolasztika, vagyis a középkori teológia szempontjából a versben megjelenő öröm és boldogság szimbolizálhatja az emberi vágyak beteljesülését. A versekben megjelenő tündérfiak és hableányok a középkori képzetvilágra utalhatnak, ahol ezek a lények szimbolizálták a vágyak királyát, aki elnyerésekor boldogságot hozott az embernek. Azonban a versben a főszereplő szív saját vágyainak elérhetetlenségét érzi, ami visszaköszönhet az ember hiányosságainak felismerésében és az Istentől való függésben, ami a skolasztika tanításában is hangsúlyos.
Ezen kívül, a versben megjelenő kérdések és elkeseredett mondatok az emberi szenvedésről és kétségekről is szólnak, amelyeket a teológia különféle ágai is vizsgálnak. Az emberi létezésben való szenvedés és a vágyak elérhetetlensége előrehajtja a szívét kérdezve, miért kell mindezt átélnie.
Összességében a Vajda János Éjjelek című vers teológiai szempontból több rétegű értelmezést tesz lehetővé. A bibliatudomány, patrisztika és skolasztika nézőpontjaira fókuszálva feltárulnak az emberi vágyak, kísértések és az Istenhez való kapcsolat különböző aspektusai.